La indignación de personajes como Antonio de Montesinos y Pedro de Córdoba por el tratamiento abusivo, injusto y explotador que los primeros colonizadores españoles daban a los indígenas, hallaron un justo desahogo en las llamadas Leyes de Burgos de 1512, siendo el primer cuerpo de normativas que se preocupó por velar los derechos de los pueblos amerindios al tiempo que defendía su posición de colonizador y evangelizador del Nuevo Mundo. Lo que se decidió en Burgos, que en efecto no había tenido parangón en el mundo entero, tuvo un daño colateral: la institucionalización de la encomienda.

Como ocurría con frecuencia en los territorios donde las leyes «se acatan pero no se cumplen», la encomienda pronto fue manipulada por los conquistadores para su beneficio, convirtiéndolo en otro instrumento de esclavitud. Pero con el tiempo la situación volvió a la palestra gracias a la campaña hecha por otro fraile, Bartolomé de Las Casas, que también se hartó de dicha opresión.

Así, lo que comenzó en 1512 tuvo su continuación treinta años más tarde con las llamadas Leyes Nuevas, promulgadas el 20 de noviembre de 1542, y que buscaron zanjar definitivamente la cuestión de los derechos humanos de sus legítimos vasallos, prohibiendo traslados forzosos para la recolección de perlas, ilegalizando cualquier tipo de coerción por medios violentos, una reforma sustancial al Consejo de Indias, y el desmontaje total del sistema de las encomiendas. Estas loables medidas causaron más conflictos en América, pero aún así supone otro hito de la Corona Española en defensa de sus súbditos.