En 1499, cuando Diego de Deza se convierte en Inquisidor Mayor, recomienda a sus subalternos un mayor celo en el trabajo. Al pie de la letra se hace eco de las instrucciones el inquisidor de Córdoba, Diego Rodríguez Lucero, a quien sus atrocidades le ganan el apodo de El Tenebroso.

Apenas posesionado de sus funciones, Deza desarrolla una teoría que lo llevaría a desmanes masivos. Asegura que está en marcha una conspiración general de los marranos, tras el objeto de liquidar el cristianismo en España y reemplazarlo por el judaísmo, motivo que aconsejaba una depuración puntillosa en la región para evitar una calamidad mayor.

Partiendo de un argumento tan peregrino, que carecía de fundamentos capaces de sustentarlo y que solo provenía de su imaginación, El Tenebroso desarrolla una escandalosa persecución que llega a los oídos de la nueva reina, doña Juana, quien piensa entonces en la posibilidad de eliminar el tribunal en todos sus reinos de Europa e Indias.